Hijo del destacado general de brigada Fernando Baquedano y la señora Teresa González, realizó sus primeros estudios en el Instituto Nacional. Tras el estallido de la guerra contra la Confederación Perú-boliviana, en 1838 se embarcó oculto en la fragata “Hermosa Chilena”, nave que transportaba al Ejército Restaurador del Perú comandado por el general Manuel Bulnes Prieto; al ser descubierto, fue incorporado al Regimiento Cazadores a Caballo con el grado de alférez, iniciando su brillante carrera militar. Demostrada su valentía en el combate de Portada de Guías y en la batalla de Yungay, asciende a teniente a los 16 años.

En 1845 fue destinado al Regimiento Granaderos a Caballo, recibiendo el grado de capitán en 1850. Entre esa fecha y el estallido de la guerra del Pacífico, participó en la Revolución de 1851 y en la de 1859, en ambas como parte de las fuerzas que defendían al gobierno. En septiembre de 1869 fue nombrado comandante del Regimiento Cazadores a Caballo, alcanzando el grado de general de brigada en 1876.

Durante la guerra del Pacífico desplegó sus habilidades de mando, ganándose el respeto y lealtad de las tropas. Partió hacia el norte como comandante de la Caballería del Ejército del Norte, siendo más tarde el sucesor del general Erasmo Escala como general en jefe del Ejército de Operaciones del Norte. Desde este cargo, comandó los combates y batallas de Los Ángeles, Tacna, Arica, Chorrillo y Miraflores, obteniendo la victoria para Chile. En marzo de 1881 regresó triunfante a Valparaíso, en compañía de varios regimientos que habían combatido en la campaña de Lima. El Congreso Nacional le dio el título de ‘Generalísimo’ del Ejército y el cargo de consejero de Estado.

Cuando las fuerzas del presidente Manuel Balmaceda fueron derrotadas en la guerra civil de 1891, el general Baquedano asumió el gobierno desde el 29 hasta 31 de agosto de ese año, fecha en la que lo entregó al bando vencedor liderado por Jorge Montt.

Falleció en Santiago el 30 de septiembre de 1897. Sus exequias fueron solemnes y los capitalinos se desplazaron a las calles para rendirle su homenaje, siendo inhumados sus restos en el Cementerio General de Santiago en un mausoleo dedicado en su honor. Debido a su importante contribución al Estado de Chile, se dispuso erigir un monumento en su honor, el que fue financiado por suscripción popular e inaugurada con gran solemnidad el 18 septiembre de 1928.

Actualmente es patronímico de la 2da. Brigada Acorazada “Cazadores”.